Genome-Wide Identification of Long Non-coding RNAs Responsive to Lasiodiplodiatheobromae Infection in Grapevine

发布时间：2020年03月16日 15:09　　浏览次数：691

非编码RNA（non-coding RNAs, ncRNA）是一类由真核基因组转录形成的不同于信使RNA（messenger RNA, mRNA）的核糖核酸分子。它们可不被进一步翻译为多肽或蛋白质，直接以RNA的形式发挥基因转录调控功能。ncRNA种类繁多，根据其转录特性，可将ncRNA分为持家非编码RNA（housekeeping non-coding RNA）和调控非编码RNA（Regulatory non-coding RNA）。持家非编码RNA是机体细胞维持其基本功能所必不可少的，通常包括rRNA、tRNA、snRNA（Small nuclear RNA）和snoRNA（Small nucleolar RNA）等。在所有细胞中这些RNA均要表达并且受环境因素影响较小。而调控非编码RNA只在生物体的特定组织器官和发育阶段表达，或在环境胁迫后特异表达，这种特异表达在各种生物过程中发挥着调控作用。进一步根据序列长度，可将调控非编码RNA分为短链非编码RNA（Small ncRNA）和长链非编码RNA（Long non-coding RNA，lncRNA）两大类。短链非编码RNA长度小于200 nt，包括miRNA、siRNA和piRNA（Piwi-interacting RNA）等。植物中，短链非编码RNA在基因的转录调控和作用机制已经取得了很大的突破为短链非编RNA和长链非编码RNA两大类。然而，lncRNA是指长度在200 nt以上的调控非编码RNA，其功能还知之甚少。lncRNA与mRNA有许多共同特征，例如由RNA聚合酶II进行转录，大多数lncRNA具有5′帽子、3′聚腺苷酸化结构等。另外，lncRNA可由Pol IV和Pol V转录。并且，lncRNAs在细胞中的表达水平较低，通常具有组织器官表达特异性，在各个物种中的保守性较差。本研究主要采用RNA-Seq测序技术，通过比较分析抗病和感病葡萄品种被葡萄溃疡病菌侵染后的基因差异表达及结合GO功能富集分析和Pathway代谢途径分析，试图挖掘抗葡萄溃疡病关键基因和lncRNAs，揭示葡萄抗溃疡病的分子机理。该项研究有助于解析葡萄溃疡病菌调控葡萄防卫反应的机理，为今后进一步提高葡萄抗病性、培育抗病品种提供理论依据。

论文链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6449811/